In giovane età fu mandato a Lucca ad apprendervi l’arte del farmacista. È ammirevole il fatto che Giovanni abbia pensato a costituire un'associazione giovanile, sotto la guida del domenicano Bernardini, con lo scopo di realizzare una più intensa vita cristiana con la preghiera in comune e la generosa assistenza ai poveri e ai pellegrini.
Nonostante queste credenziali, la sua domanda di entrare nell'Ordine francescano non fu accolta. A ventisei anni lasciò la farmacia e, sotto la guida del Bernardini, intraprese gli studi ecclesiastici e nell'Epifania del 1571, celebrò la prima Messa. Alla chiesa di S. Giovanni della Magione, affìdatagli dal vescovo, attuò la sua grande aspirazione, fondando una scuola per l'insegnamento della dottrina cristiana.
Il successo della sua opera attirò consensi e amici, insieme con i quali dette vita nel 1574, alla Congregazione dei Preti riformati, che nel 1614 assunse la definitiva denominazione di Chierici Regolari della Madre di Dio, con sede presso la chiesa di S. Maria della Rosa. Giovanni Leonardi visse e operò nel secolo XVI, periodo ricchissimo da ogni punto di vista, nella pittura, nella scultura, nell’architettura, in tutte le scienze umane. Il Cinquecento è anche il secolo della Riforma cattolica, della Controriforma protestante e delle missioni d’oltremare. Come sacerdote ebbe un carattere forte nella fede, per cui molti giovani lo cercavano per una risposta capace di realizzare la propria vita, secondo i disegni di Dio. Ebbe lo spirito del fondatore. Giovanni, con la direzione spirituale, dispose gli animi a decidersi di seguire radicalmente il Signore. Così avvenne che alcuni giovani, desiderosi di consacrarsi a Dio per meglio servire il prossimo, lasciarono le loro famiglie e vissero in povertà con lui, nella chiesa della Rosa in Lucca.
La famiglia religiosa era cresciuta: un giorno un leonardino chiese esplicitamente a padre Giovanni una Regola scritta per sapere con esattezza come comportarsi. Il Leonardi, senza scomporsi, prese un foglio di carta e, in modo chiaro, scrisse a caratteri grandi una sola parola: “obbedienzaâ€. La nascente congregazione svolgeva un servizio specifico a favore del popolo e di altri giovani nell’oratorio della Rosa.
Giovanni venne sfrattato dall’oratorio della Rosa due anni prima che scadesse il contratto di affitto, ma quando Dio vuole portare avanti un suo progetto, provvede a tutto. Così alla nuova congregazione venne offerta la chiesa di Santa Maria Corteorlandini, con i locali annessi: questo è considerata grazia del Signore venuta per mezzo della Vergine Maria, alla quale la chiesa è intitolata con il nome di “Assuntaâ€, Patrona particolare dell’Ordine della Madre di Dio. Questa è la casa madre dalla quale sono nate tutte le altre che si trovano in varie parti del mondo. Qui si conservano tutte le memorie del fondatore e dei suoi primi compagni.
Giovanni fu anche operatore di pace.
Da vari anni i cittadini di Lucca non vivevano più tranquilli: una masnada di cinquanta sediziosi e scellerati giovani, divisi in due ampie e nemiche brigate, avevano da tempo tenuta sossopra la città , con litigi, risse e duelli, nonché preoccupante proselitismo. Giovanni Leonardi riuscì ad incontrarli uno per uno, a ragionare con loro, a convincerli del male che correvano sia loro che tutta la città . E la loro conversione fu suggellata da una confessione generale di vita. Il risultato fu che alla fine i cinquanta, sopiti i reciproci rancori, si riconciliarono e divennero buoni cittadini. Ad evitare ricadute di odio, Giovanni fece in modo di radunarli in gruppo ogni venerdì, nell’oratorio della Rosa, e con loro fondò la "Compagnia della Pace".
Purtroppo qualche potente della repubblica lucchese fece spargere la voce che padre Giovanni, ormai padrone di una banda di uomini esperti nell’uso delle armi e abituati alle violenze, mirasse ad approfittarne per altri scopi non graditi alla popolazione. Così iniziano le prime accuse di non gradita presenza nella città di Lucca. Infatti nel corso di un viaggio a Roma giunse l’ordine, prima del Senato di Lucca, poi del Pontefice Sisto V, di esilio dalla sua città . E Giovanni fu costretto a rimanere a Roma, dove incontrò la simpatia di San Filippo Neri che scelse come suo padre spirituale.
Giovanni fu riformatore
Il Cinquecento era un periodo burrascoso per la Chiesa. Il Concilio di Trento, celebratosi in quel tempo, aveva dato numerose direttive di ripresa anche per le congregazioni religiose, bisognose anche esse di riforma per ritornare allo spirito genuino dei primi tempi di fondazione. Giovanni Leonardi fu l’uomo giusto per aiutare a intraprendere la riforma della vita religiosa senza compromessi. Il Papa Clemente VIII gli affidò una serie di incarichi, col titolo di Visitatore Apostolico, che lo vedranno impegnato in compiti di estrema delicatezza. Infatti sarà Commissario, per conto della Santa Sede, per dirimere le vertenze sorte tra il Viceré di Napoli e il Vescovo di Nola relative al Santuario della Madonna dell’Arco. In seguito ridonerà nuovo impulso alle famiglie religiose benedettine di Montevergine, di Vallombrosa, ed ai religiosi di Montesenario. Per la riforma universale di tutta la Chiesa inviò al Pontefice Paolo V un memoriale, suggerendo i "Criteri di un autentico rinnovamento".
Giovanni ebbe lo spirito del missionario
Il Leonardi era animato da un forte desiderio di evangelizzazione. Nel 1603 incontrò Mons. Juan Bautista Vives che, come lui, sentiva in maniera vigorosa l’ansia di annunciare nel mondo la Parola di Dio. A Giovanni sembrò giunto il momento di realizzare un progetto su cui meditava da anni: istituire una Congregazione per la diffusione della fede nei paesi di missione. Anche a Filippo Neri aveva manifestato la sua disponibilità di lasciare Roma per avventurarsi in terre lontane pur di annunciare il Vangelo. Il Santo fiorentino lo dissuase: “le tue Indie sono l’Italiaâ€. Il forte anelito missionario che albergava nel cuore di San Giovanni Leonardi è provato da questo suo appunto circa la realizzazione di un collegio per la propagazione della fede: “Quasi tutte le pecorelle di Cristo dell’Asia, dell’Africa, di maggior parte d’Europa e dell’America periscono nell’ignoranza, perché non hanno pastori che le cerchino e le conducano alla Chiesa. E’ necessario perciò che siano istituiti Seminari nei quali vengano raccolti, istruiti, santificati pastori d’anime che abbandonata l’unica pecorella dell’ovile, cerchino nel deserto le 99 disperse; costoro per adempiere bene al loro officio devono imitare gli Apostoli nella povertà , nella castità e nell’obbedienza…. Per il Leonardi, pensava occorresse alla Chiesa una Congregazione (di Propaganda Fide), che avesse per scopo “unico, proprio e primario… il predicare la fede ai gentili†attraverso preti “specializzatiâ€, formati soprattutto a Roma, ma che “sapessero che stavano qua come in ospizio, e che la loro abitazione doveva esser fra gl’infedeliâ€.
Nel 1608 il Leonardi, coadiuvato da Vives e Funes, progettò in modo definitivo, nella natura e nello scopo, tale congregazione; e fu inviato al Papa un memoriale per l’approvazione. La nuova istituzione fu chiamata “Congregazione di Propaganda Fideâ€. E nel 1610 fu realizzato il Collegio relativo, che accoglie seminaristi di diversi continenti, i quali, una volta formati nello spirito e nella cultura religiosa, ritornassero nelle loro terre di missione, per evangelizzare i loro connazionali. Sia la Congregazione di Propaganda Fide che il Collegio costituiscono una novità nella storia della Chiesa cattolica: sono un corpo missionario specializzato di preti secolari alle dipendenze del Papa. Nel Collegio missionario di Propaganda Fide è tuttora dedicato un altare a San Giovanni Leonardi, fondatore dei Chierici Regolari della Madre di Dio. San Giovanni Leonardi dal 1662 riposa sotto la mensa dell’altare della cappella, a lui dedicata, di S. Maria in Portico in Campitelli in Roma.
Morì a Roma il 9 ottobre 1609. Nel 1756 fu riconosciuta l’eroicità delle sue virtù, beatificato il 10 novembre 1861 e canonizzato il 17 aprile 1938. San Giovanni Leonardi fu Confessore, Fondatore della Congregazione dei Chierici Regolari della Madre di Dio, illustre per le fatiche e per miracoli e per opera sua furono istituite le Missioni della Propagazione della Fede.